Список подготовлен Московским центром непрерывного математического образования при содействии Министерства образования и науки РФ. Он составляется ежегодно с 2013 года. Среди главных критериев отбора – результаты основного госэкзамена и Всероссийской олимпиады школьников. В частности, в Топ-500 лучших школ страны-2016 вошли гимназия №1 Ульяновска и городская гимназия Димитровграда. Кстати, данные общеобразовательные учреждения уже четвёртый раз попадают во Всероссийский перечень.

Кроме того, Московский центр непрерывного математического образования подготовил Топ-200 сельских общеобразовательных организаций. В него вошла Новомалыклинская школа имени Героя Советского Союза М.С. Чернова. 

Также в перечень лучших общеобразовательных организаций 2016 года по физико-математическому профилю попал ульяновский лицей №38.